1865年浩罕國司令阿古柏入侵新疆，阿古柏自立為汗。此時清廷無力顧及，只好對此睜一只眼閉一只眼。
  1865年2月，太平天國四川總制金彪帶制直屬部隊和第一轄迅速攻占潼川府城三臺、射洪、遂寧三縣，四川天道教潼川府教士許三多帶二萬多義軍攻下了蓬溪、樂至二縣，安岳縣綠營千總天道教傳教花霖帶兵殺了知縣占了安岳縣城。
  重慶鎮總兵唐友耕知道本路只是佯攻，所以一路慢慢吞吞而行，1865年2月才到順慶府鄰水境內大洪河畔。唐友耕派出哨馬四處探查，并不見太平軍蹤跡，于是于1865年2月3日上午過河，兵士才過一半，順慶府提轄侯選早帶府轄和順慶府各縣衛、鄉屯、村墾精選出的二萬精兵藏在明月山中等候，見清軍渡河，立即殺出，一時槍彈亂飛，火炮齊鳴，箭矢如雨，騎兵屯搶先沖出，先用馬槍齊射，近前背起槍揮舞馬刀亂砍，步兵在后如潮涌至，長矛、大刀亂捅亂劈，清軍岸上部隊死傷過半，剩下的紛紛下河逃跑，河中的也轉身就逃。太平軍火器部隊追到岸邊，一千多支三代宣武步槍一齊發射，其他伙器什的各類槍也一齊開火，河中清兵倒了一片，鮮血把河水都染紅了。三代宣武步槍的有效射程是一千五百米，帶瞄準鏡，大洪河寬卻不到一百米，所以河中清兵漸少時，槍兵們又開始對河對岸的清兵點名。唐友耕自從起兵上陣以來從未見過這種打得又遠又準的步槍，正愣神間，一陣疼痛傳來，一發子彈鉆入了他的右肩，唐友耕大驚失色，忙帶轉馬向后逃跑。剛逃不到五十米，一發開花彈落在了唐友耕剛才呆的位置，接著一排排炮彈落在了岸邊清兵頭上，清兵大潰，太平軍趁勢殺過河來，清兵死的死，降的降，唐友耕帶著一百多騎兵逃到長壽，太平軍追到長壽，很快攻下長壽，唐友耕又向重慶逃跑。逃回重慶，回到總兵鎮臺衙門，唐友耕叫來醫者取出彈頭正在包扎傷口  ，幾聲炮響，炮彈爆炸震得署衙二梁上的灰不斷下掉。唐友耕催著醫者包好傷，提刀而出，見清兵亂哄哄地逃下城來，唐友耕大怒，提刀連殺數人，趕著清兵又搶回城墻廝殺。這時，太平軍已圍了城，四面攻打，唐友耕拼死抵抗，從上午打到傍晚，一聲巨響傳來，原來侯選派人偷偷在金紫門下開挖地道填埋炸藥，這會兒正式引爆，炸塌一段城墻，太平軍從城墻缺口處一涌而入，唐友耕連忙帶著幾個親兵逃出城，往甘肅去了。
  四川戰火正熾，古大力正在開封陸軍學堂學習，第二師由總教毛東、副師帥朱志鑫代理，兩人接到四川快馬飛報，一面派駐漢中府的第四旅入川，一面飛報銳王府。魏宣武接報，與眾人商議后批復，盡快奪川。毛東接到批復，又遣副師帥朱志鑫帶第五旅急速開進四川。朱志鑫進入四川，命第四旅沿途攻占龍安府、綿州，直取成都城，自帶第五旅從保寧府過潼川，會攻成都。1865年2月25日，朱志鑫率第五旅先到成都城下，離城十里，太平軍開挖壕溝，建立營壘，十日后，一路攻克龍安府、綿州的第六旅到。這時，駱秉章從四川各處調集湘勇、綠營、團練共三萬多人，在成都城下設立營壘，又飛奏朝廷調各路清軍援川。1865年3月10日，各路清軍在成都城下筑壘完畢，下午，朱志鑫一聲令下，兩個旅一齊用野炮轟擊城外清軍營壘，又用步槍遠射，清軍營壘也有槍炮，奈何射程不夠，只有挨揍的分。傍晚時分，營壘清除，到處都是清軍尸體。第二天天剛亮，野炮對著城墻又是一頓猛轟，不過這次十二磅和二十磅野炮都用的實心彈。城上清軍也開炮還擊，清軍的炮數量有三百多門，多是三、五千斤的鐵炮，最大的兩門八千斤銅炮安放在有滿城的西門，太平軍的炮集中在南門，清軍炮打不著太平軍，太平軍的炮卻能很輕易的打到清軍，半天炮戰，清軍南門八十多門鐵炮均被炸啞。下午，又一輪炮擊后，六門旅屬三代四十磅宣武攻城炮出現了，五輪四十磅攻城炮齊射，南門城墻被轟塌了一截，出現了一段二十多米長的口子，太平軍炮火卻停了，任清兵撲上去補堵缺口。朱志鑫在望遠鏡里看到大量清兵擁擠在缺口處把口子快補齊了，立即令一百多門各類野炮一齊轟擊該處周圍一百米地域，轟了三輪后停止，攻城炮又開火，五輪下來，這段城墻又塌了。清兵又堵，太平軍野炮又轟，攻城炮再次轟塌同一段城墻。如是者三次，當太平軍攻城炮第四次轟塌城墻時，堵口的清兵已明顯很少了。朱志鑫正準備再來一個循環，只聽西門那邊一聲巨響，西門塌了，也出現一個一百多米長的口子，原來，朱志鑫用炮戰吸引清兵注意力到南門，掩護太平軍從西門挖掘地道埋設引爆火藥、雷管。朱志鑫見西門得手，命令傳令兵發信號彈，總攻開始，南門太平軍上了刺刀，在大炮掩護下從缺口處沖入城，采取三三制戰術，交替掩護，與清兵搏殺。西門，太平軍騎兵持馬槍從缺口處突入城中，四面攢射。清兵傷亡慘重，駱秉章見事不可為，帶親兵從萬里橋下船，與提督胡中和等一干清兵大員坐炮艦奔湖北去了。西門，四川將軍崇實、都統富森保仍在指揮二千多八旗軍頑抗，虎嵩林找到他們，傳駱秉章的信，請將軍快到萬里橋下艦，崇實跟虎嵩林去了，富森保不逃，堅持戰斗，崇實走后，一發槍彈擊中富森保面門，富森保倒地而亡。戰至當夜子時，城內三萬多清兵及團練已基本肅清，城外來援成都的三萬清兵也傷亡大半，余者皆降，成都乃下，繳獲錢糧器械無數，火藥五十萬斤、硝石十萬擔。此戰，太平軍僅兩旅野戰軍兩萬多人，憑借槍炮等大量先進火器的靈活運用及先進的三三制戰術協作精神攻取六萬多清軍守護的堅固成都城，以少勝多，傷亡不到二千人。
  攻取成都城后，各地清軍兵力空虛，四川天道教各地教徒起義，配合太平軍攻城。不到一月，朱志鑫以六個步兵營連下敘州府、夔州府、寧遠府、雅州府、嘉定府、綏定府等六府，以八個加強步兵隊攻取茂、邛、眉、瀘、資、忠、永寧、酉陽八州，又以兩個騎兵卒配四個步兵營攻取雜谷、松潘、懋功、石砫四廳。
  至1865年4月21日，太平軍占領四川全境，接著，四川刺史王義剛和四川總教卓不群、統制金彪來到成都，著手建立四川各地政權機構和地方部隊。


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